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日本的大学包括学部和大学院学部
相当于我国大学里设立的学院或系，学部阶段的学习即本科学习。日本的大学学制通常为4年，但是医学，牙科学，兽医学的学制通常为6年。在日本本科阶段的学习以修学分为主，学分的多少因大学而异，但通常需修满124个以上的学分才允许毕业（医学，牙科学学生通常需修满188个学分以上才允许毕业，兽医学学生通常需修满182个学分以上才可毕业）。日本大学学分换算通常是以45小时的学习内容作为1个学分。日本大学的学年包括期中，期末考试，原则上为35周。各门课程学习时间通常为10-15周。大学毕业生被授予学士学位，学位由大学直接授予毕业生。大学院即我国的研究生院，设有硕士和博士课程。
硕士在日本被称为"修士"，硕士课程通常为2年，申请入学者只限于受过16年学校教育，已经大学毕业，或具有同等学力的人。学生取得专业科目的必要学分，通常为30以上的学分，考试合格并通过硕士论文审查即可取得硕士学位，有些学生在学习期间成绩优异，或者有突出的科研成果，可提前取得硕士学位，学习年限可减少到1年。
日本的博士课程学制通常为3年，但医学，牙科医学，兽医学的博士课程学制通常为4年。博士课程申请者只限于具有硕士学位，或被承认具有同等学力者。日本的博士生分为两种，一种为课程博士，另一种为论文博士。课程博士生应取得30以上的学分（包括在硕士课程中取得的学分），考试合格并通过论文审查即可获得博士学位。论文博士可以不在学，根据学校的有关规定，通过博士论文审查，具有博士课程修了者同等以上学历，也可获得博士学位。
此外，有些大学采取5年一贯制的博士课程。本科毕业生即有资格申请此类课程。此类博士课程分为博士前期及博士后期两部分，前期学制为2年，后期为3年，实际上，博士前期就是硕士阶段，毕业后发修士学位；博士后期即为博士阶段，毕业后可被大学院授予博士学位。
日本学校的学年年度从每年的4月开始到下一年的3月结束。学期一般采用前期（上学期）为4-9月，后期（下学期）为10月至次年3月的两学期制。日本学校的假期一般为每年3次：暑假7月上旬至8月下旬，寒假12月下旬至次年1月上旬，春假2月下旬至4月上旬。以攻读学士学位为目的的学生，一般要求在4月入学。研究生（即大学院生）一般也要求在4月入学，但有的学校也可在各个学期入学。
短期大学
短期大学主要是研究深奥的专门学问、培育职业或实际生活所必需的能力的高等学府，入学资格与大学相同，修学年限2-3年。短期大学中60%为女子学校，设有家政、文学语言、教育保健、财经、政治、音乐、理、工等学科或专业，前3项约占50%以上。近年来，社会科学专业日渐受到欢迎。
短期大学的学生毕业时，必须获得所规定的学分。2年短期大学规定的学分为62个学分，3年短期大学规定的学分为93个学分以上。短期大学若确认有益于教育，可允许学生学习其他短期大学或大学的科目。截止到1991年5月中旬，日本共有短期大学589所。其中国立41所，公立53所，私立495所。由于短期大学既节约经费，又能早出人才，一直受到日本财团的赞赏和支持。
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